בכמה מספרי הקודש מובאות ראיות רבות מן הכתובים שבמקרא לחיזוק יסוד הגלגול, ראה לדוגמה בהקדמת ספר "על ספר הדורות", וכן בספר "נשמת חיים" (מאמר ד', פרקים ו' ו־י'), ועוד מקומות. אולם עיקר בירור הדברים ומעמדם העליון מצוי בדברי ספר הזוהר הקדוש ובתקוני הזוהר, אשר האריכו בביאור הענין במקומות רבים, ובפרט במאמר מיוחד בזוהר הידוע בשם "מאמר הסבא דמשפטים", שבו מונחים יסודות ודרכים רבים אשר שימשו אבן יסוד לרבינו האריז"ל בעת שחיבר את ספר "שער הגלגולים".
וראה מה שכתב החיד"א זיע"א בספרו "שם הגדולים" (חלק א', מערכת יו"ד, סימן י"ד), בערך רבנו יהודה אריה ממודינא. וז"ל: ראיתי את ספרו "חיי יהודה" בכתב יד, ושם כותב הרב הנזכר על קורות חייו. וראיתי לכתוב דבר מיוחד: בתחילה לא היה מאמין בענין הגלגול, עד שמקרה פלאי אירע לו – אחת משכנותיו ילדה בן, וכעבור פחות מחודש חלה הילד במחלות קשות שונות, ובתום שישה חודשים מחייו הגיע לשעת גסיסתו. אז קראה אותו שכנה לרב הנזכר לבוא לומר פסוקים ודברי תורה בשעת יציאת נשמה, כמנהג מורינו באיטליה.
כאשר בא הרב, ראה את הילד כשהוא חולה מאוד, מצטמק ונראה כאוב, ונמצא גוסס. פתח הרב באמירת מזמורי תהילים, ופתאום פקח הילד את עיניו, ואמר בקול רם את הפסוק: "שמע ישראל ה' אלקינו ה' אחד", ונפטר תיכף לאחר מכן במילת "אחד". והיה הדבר לפלא. מאותו יום ואילך האמין הרב בגלגול הנשמות, כי ראה בעיניו ממש תינוק בן שישה חודשים, שכולו חולה ומיוסר, מדבר בלשון מבוגרים ואומר פסוק שלם בקול ובכוונה.
עד כאן לשון החיד"א שראה את הדברים בכתב ידו של הרב, עכ"ל.
כתב בעל ה"פלא יועץ" (ערך גלגול) באריכות על גודל התועלת שבאמונה בגלגול, ובפרט לאדם שפגם בגלגול קודם ונשמתו חזרה לעולם לתקן.
וזה עיקר דבריו בקצרה:
האמונה בגלגול היא מן הדברים המעוררים את לב האדם ליראת שמים, בפרט ליראת העונש. כי כאשר יזכור האדם שהעונש אינו מסתיים בגיהנם בלבד, אלא עלול להיות חמור ממנו — שהנשמה עצמה תתגלגל בגופים שפלים — יחרד לבבו וימהר לשוב מחטאיו.
והגלגול אינו רק לאדם אלא גם בדומם, בצומח, בחי, ואפילו בבהמות, עופות ודגים, טהורים ושאינם טהורים, וכל רמש האדמה. וכל זה — אף על עוונות קלים שנוטים בני אדם להקל בהם, כגון לשון הרע — שעונשו להתגלגל בכלב, או הסתכלות אסורה — שדינה גלגול בעוף מסוים וכדומה.
אף כי כאשר האדם בגלגול של בן־אדם אינו זוכר את גלגולו הקודם, מכל מקום כאשר הוא מתגלגל בדומם, בצומח או בחי — שם הנשמה זוכרת את עברה, ויודעת מי הייתה, ואיזו נפילה עברה עליה, ודבר זה מצער אותה מאוד.
לכן, כאשר האדם יתבונן בדברים אלו בעודו חי, ימהר לשוב בתשובה שלמה, פן יאחר את המועד ולא תועיל עוד החרטה.
וגם מתוך אמונת הגלגול: למיחש בעי שמא בגלגול שעבר הרבה טומאה ואשמה, ועליו מוטל לתקן את אשר עיוות. ולכן יהא מפליג לעשות מצוות ומעשים טובים, וסיגופים ותעניות ותיקונים. ואפילו אם כל העולם אומרים לו "צדיק אתה", והוא עצמו יודע בנפשו כי זך וישר פעלו – יהיה בעיניו כרשע. כי לא ידע האדם מה קדמו ומה עבר על ראשו בגלגולים שעברו.
ומה גם בדורות הללו, שכבר גילו לנו המקובלים שרוב בני אדם הם מגלגולים שעברו, ומעט מאוד הם נשמות חדשות שבאות בפעם הראשונה. על כן ראוי שיכנע לבבנו, כי דלונו מאוד ואין אתנו יודע מה אנו ומה באנו לתקן. ולכן ראוי לאדם להרבות במעשים, ולעולם יהא בעיניו כנושה – אולי יֵרָצֶה.
וגם מתוך אמונת הגלגול: ידע האדם כי משפטי ה' אמת, הצור תמים פעלו – כל דרכיו משפט. ולא יתרעם על מדותיו יתברך, כמנהג כמה בוערים בעם, שכאשר באים עליהם ייסורים קשים פוערים פיהם כלפי מעלה, ואומרים: "ריבונו של עולם, מה פשעי ומה חטאתי? האם חטאי גברו על כל העולם?"
ולו חכמו ישכילו – כי הצור תמים פעלו, וכל דרכיו משפט. אל אמונה ואין עוול, צדיק וישר הוא. נותן לאיש כדרכיו וכפרי מעלליו, ולו נתכנו עלילות. ואם בגלגול זה פעלו זך וישר, הייסורים הם על הגלגולים שעברו.
וגם בזה יש לשוב לדעת – על ייסורים קשים שסובלים ילדים קטנים, עתיקי משדים גמולי מחלב, ומיתת קטנים. שעל חטאת נעורים שולח הקב"ה כי תלד אשתו נשמה שחייבת מיתה, לתקן את אשר עיוותה. ואגב, יימצא אביו ואמו כדי גאולתו – בצערם שיצטערו במיתתו. וגם על ידי הגלגולים מתגלגלים ענייני הזיווגים והמיתות.
וכל המקרים – הכל הוא מפלאות תמים דעים, במידה, במשקל ובמשורה. וכפי שיראה הרואה בספרי המקובלים המספרים ענייני הגלגולים – בעיניו יראה ולבבו יבין. ויאמר: מה רבו מעשיך ה'! ומה נפלאת אהבתו לנו, אשר חשב מחשבות לבלתי ידח ממנו נדח. יהי שם ה' מבורך ומרומם על כל ברכה ותהילה, עכ"ל.
הנה, המתבונן יראה כי הרב פלא יועץ העלה שלוש תועליות לעוסק ומתבונן באמונת הגלגול:
מוסר השכל – בחינת סור מרע: שתמיד יהיה לנגד עיניו לבל יחטא.
מרץ בעבודת ה' – בחינת עשה טוב: להרבות בפעולות מצווה, שמא חטא או החסיר, ועתה בא לתקן.
הצדקת הדין – קבלת הייסורים באהבה: כי אפשר שייסוריו הם תיקון למה שקלקל. ובהצדקת הדין – הרי הוא מקיים את כוונת גלגולו.
על ידי הגלגולים רואים שדיני התורה הם אמת ויציב.
בספר דגל מחנה אפרים (לנכד הבעש"ט הקדוש, ריש פרשת משפטים) כתוב בזה הלשון:
"ואלה המשפטים אשר תשים לפניהם" – איתא בזוהר הקדוש: "אילין סדורין דגלגוליא".
והוא תמוה – לכאורה הפסוק מדבר על דיני ממונות.
אך שמעתי בעניין דין, שאדם דן את חברו בבית דין, ויודע בעצמו שבוודאי הוא זכאי, והתורה מחייבתו. אל יקשה בעיניו, שהרי התורה אמת היא ודרכיה דרכי נועם.
אלא זהו אמיתות התורה: כי מסתמא היה חייב בגלגול העבר לאיש שיש לו כעת דין עמו, וכעת התורה מחייבתו לשלם – כדי לצאת ידי חובתו. וחברו שלוקח עתה את הממון במרמה – הוא עתיד ליתן את הדין.
וכאלה יש רבים בין בעלי דינים.
וזה רימז הזוהר הקדוש: "ואלה המשפטים" – שמן הנראה לפעמים הם נגד האמת, אך באמת הם "אילין סדורין דגלגוליא".
היינו – שהבורא, שהוא תמים דעים ובורא כל הנשמות, הוא היודע מה היה בגלגולים הקודמים בין איש לרעהו. ולכן כך הוא מסבב את הנהגת עולמו – על פי תורתו, עכ"ל.
